实质审查费的缴纳时间有以下几种情况：在申请日（或优先权日）起三年内申请人可以在申请日（或优先权日）起三年内的任何时间提出实质审查请求，并在此期限内缴纳实质审查费。在初审合格后由于发明专利需要先进行初步审查，合格后再进行实质审查，因此实质审查费的缴纳期限应从初审通过起，到申请日（或优先权日）起三年内。